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Le ricerche effettuate sull'assetto geologico-strutturale e geomorfologico del litorale palermitano, evidenziano un'evoluzione geologica legata all'interazione delle variazione glacio-eustatiche del livello marino con i movimenti tettonici occorsi nel Plio-Pleistocene.
Nell'area è presente un substrato roccioso costituito da successioni prevalentemente carbonatiche e terrigene di età compresa tra il Trias sup. e il Miocene, appartenenti ai paleodomini Panormide ed Imerese. Tali unità risultano coinvolte in strutture tettoniche connesse alla formazione tardo-cenozoica della catena siciliana. Questi terreni sono ricoperti in discordanza da depositi calcarenitici e sabbioso-pelitici del Quaternario. Tali depositi occupano le depressioni costiere di Isola delle Femmine e Sferracavallo, presentando giaciture suborizzontali o poco inclinate verso mare.
Dalla fine del Miocene l'area è stata interessata da processi tettonici distensivi, connessi con l'apertura del bacino tirrenico meridionale, e da episodi di compressione che hanno determinato strutture di inversione tettonica.
Il substrato risulta dislocato da sistemi di faglie orientate in direzione nord-sud ed est-ovest. L'assetto geologico-strutturale dell'area e le variazione glacio-eustatiche del livello marino hanno condizionato l'evoluzione delle aree emerse, di tutto il margine continentale ed in particolare della piattaforma.
Lungo la costa sono presenti diversi morfotipi litorali: costa alta e rocciosa, nel tratto compreso tra Capo Gallo e Punta Barcarello; costa bassa e rocciosa con ripe e alta con falesie, nel tratto compreso tra Sferracavallo e Isola delle Femmine.
Le piane costiere di Isola delle Femmine e Sferracavallo sono scolpite da vari ordini di terrazzi marini posti sul livello del mare a differenti quote (+2 -3 m; +10-15 m +20-25 m; +50-60 m) che testimoniano le fasi di ingressione marina del Pleistocene.
Gli studi effettuati sulla piattaforma continentale e la scarpata superiore evidenziano un substrato roccioso eroso alla sommità, correlabile con le successioni carbonatiche meso-cenozoiche affioranti nei Monti di Palermo. In discordanza sul substrato è presente una successione sedimentaria di età Plio-Pleistocenica, troncata verso l'alto da una superficie di erosione legata all'ultimo abbassamento glacioeustatico del livello marino. Infine, sono presenti depositi di spessore laterale molto variabile, accumulatesi durante l'ultimo episodio di stazionamento basso del livello del mare e durante la successiva risalita e stazionamento alto. La piattaforma continentale antistante l'AMP è poco estesa, la sua ampiezza è compresa tra 6 e 8 km. Questa ridotta estensione e l'elevata pendenza della superficie del fondo marino, che in alcuni tratti raggiunge 1°,5 di inclinazione, sono riconducibili alla giovane età del margine ed alla tettonica, altresì testimoniate dai fenomeni di instabilità gravitativi presenti lungo il margine.
Il bordo della piattaforma continentale è ubicato alla profondità di circa 140-150 m. Esso si presenta in progradazione, con l'eccezione delle aree corrispondenti agli alti strutturali, dove affiora il substrato roccioso, e nei tratti in cui il bordo risulta inciso dalle testate dei numerosi canyon presenti nella scarpata superiore.
E' possibile suddividere la piattaforma continentale in un settore interno ed uno esterno, separati da una rottura di pendio convessa alla profondità di circa -60 m. La piattaforma continentale interna da 0 a -60 m che include tutta l'AMP, è caratterizzata a luoghi dall'affioramento del substrato roccioso carbonatico.
La parte esterna della piattaforma continentale è caratterizzata da depositi sabbioso-pelitici, progradanti; il substrato roccioso, anche se poco profondo, affiora raramente. L'ultima oscillazione glacioeustatica del livello marino ha prodotto diversi elementi morfologici, sia erosivi che deposizionali. Nella piattaforma esterna sono state rinvenute beach rocks a quote di – 75 m, -85 m, -95 m, -105 m e -120 m. Nella piattaforma interna si osservano rotture di pendio concave, alle profondità di -8 m, -15 m, -35 m e -53 m, alla cui base sono associate piattaforme di abrasione ed incisioni dovute ad erosione subaerea.
La presenza di questi elementi morfologici all'interno dell'AMP rappresenta un importante fattore di interesse del paesaggio sottomarino per la variabilità biologica che ospita. Infatti, il substrato carbonatico affiorante con tutte le sue forme (falesie, gradini, piattaforme di abrasione, grotte etc.) rappresenta l'impiantato di alcuni dei più importati biotopi dell'AMP (marciapiede a vermeti; posidonieto; pre-coralligeno, coralligeno, etc.).